В октябре 1987 года на Сергея Петровича Капицу было совершено покушение, как писали, «сумасшедшим из Ленинграда», реставратором, членом общества «Память», в результате которого ученый получил тяжелые травмы.
Злоумышленник, приехавший в Долгопрудный, проник в учебный корпус МФТИ, где Капица читал лекции по общей физике, и во время перерыва, когда Сергей Петрович выходил из аудитории, дважды сзади ударил его туристическим топориком по голове. С. П. Капица сумел вырвать топор из рук нападавшего и ударил того обухом топора в лоб. Затем он дошел до кафедры, попросил вызвать «скорую» и милицию, после чего потерял сознание. Злоумышленника задержали. Сергей Петрович был госпитализирован в нейрохирургическое отделение ГКБ им. С. П. Боткина с субдуральным кровоизлиянием, ему наложили 17 швов. Впоследствии он смог вернуться к работе. В МФТИ после этого покушения ввели экстренные меры безопасности, частично отмененные через полгода.
Жена Капицы, Татьяна Алимовна, так вспоминала эту трагедию: «Его три дня караулил человек, который приехал из Ленинграда. Перед этим у него были две передачи с А. Б. Мигдалом. Вина Сережи была в том, что у него в передаче были евреи. Но кто стоял за этим человеком, не было сказано. Судили его заочно, потому что признали душевнобольным. И мать рассказывала на суде, и было ясно, что у него были отклонения. И он попал в психиатрическую больницу. И что с ним дальше было, об этом Сережа никогда не говорил.
Это было ужасно. Была пятница, когда Сережа уезжал читать лекции в Долгопрудный. Я делала пироги и потом брала их на дачу. И вот я лепила очередные пироги, когда мне позвонили и сказали: «Татьяна Алимовна, вам надо приехать за машиной». Я стала спрашивать: «Что с Сережей? Инфаркт или еще что-нибудь?» — «Мы вам перезвоним». Потом перезвонили и толком ничего не сказали. И я позвонила сестре и сказала: «Звони сейчас. Это Сережин кабинет». И она позвонила, и ей сказали, что на него произошло нападение. Она сказала: «Зажмите рану и не отправляйте его в больницу. Я высылаю ‘скорую!’» — «‘Скорая’ у нас есть». — «Тогда высылайте его к нам». И она задержала хирурга, профессора Яруковича.
Рана была — лоскут кожи на затылке, 14 сантиметров. Он ударил его сзади туристическим топориком. А на окне у нападавшего лежал самострел, обрез, кустарно сделанный. На экспертизе оружие признали пригодным для убийства. Говорят, что, когда его уносили, он кричал: «Кто же знал, что он такой здоровый! Надо было сразу стрелять». Даже нисколько не пожалел. Сережа повалил его и ударил этим же топором. Студенты стояли окаменевшие. Сережа им сказал: «Держите его, он опасен». Помощница, которая оказывала ему помощь, не могла забыть тот момент, когда он вошел окровавленный в кабинет. Это произошло между аудиторией и его кабинетом».
«Он работал в реставрационных мастерских в Ленинграде, восстанавливал иконы, а еще состоял в черносотенной организации «Память», и я у них считался главным жидомасоном. Потом, оправдывая свой поступок, он писал, что хотел избавить родину от страшного врага. Он три раза приезжал в институт, чтобы выследить меня. Судить его было нельзя: он был официальным сумасшедшим, так что его отправили в закрытое психиатрическое учреждение — что-то среднее между психушкой и тюрьмой. Страшное, говорят, место. Кстати, по этой же технологии был потом убит священник Александр Мень. А я тогда употребил все свои связи, чтобы эта история не попала в печать. Это могло спровоцировать других психов. Так что об этом не писали, и я нигде об этом не рассказывал. Хотя слухи, конечно, ходили. Как-то в Академии наук я встретил академика Котельникова, и он говорит: «Сергей Петрович, я слышал, вы кого-то убили!», сдабривая то трагическое событие своим безукоризненным юмором, вспоминал о нем Сергей Петрович в одном из последних интервью.
Студенты Физтеха, как и студенты любых других вузов, остроумны и порой злы на язык. Еще в 1970-е годы Сергея Петровича прозвали «сын отца Физтеха», однако после покушения частотность этого определения резко снизилась.