Петр требовал от церкви того, что должно было быть полезно государству и обществу. Она должна была использовать свои ресурсы после удовлетворения собственных непосредственных потребностей на поддержку образования, заботу о бедных и больных, а если необходимо, то и удовлетворение общих потребностей государства. Он перешел, с начала войны со Швецией, к осуществлению на практике своих идей с возрастающей тщательностью и результатом. В октябре 1700 года, когда патриарх Адриан умер, никакой преемник не был назначен на эту должность и выбор нового патриарха был отложен. Стефан Яворский, митрополит Рязанский, был назначен местоблюстителем патриаршего престола. Он оставался важной фигурой в течение ряда лет, но никогда не был в полном согласии с царем, и отношения между ними довольно часто серьезно обострялись. В начале 1701 года было основано новое ведомство: Монастырский приказ, чтобы управлять финансами церкви. Следующие двадцать лет характеризовались двумя тенденциями — увеличивающимся подчинением церкви государственному контролю, ведущему к потере ее независимости, и привлечением церковных доходов в крупных масштабах на светские и государственные цели.
Ни одна из этих тенденций, разумеется, не была нова. С 1696—1697 годов ряд указов был направлен на ограничение церковных расходов и привлечение избыточных доходов церкви в казну правительства. Основание новых монастырей и оплата жалованья священникам, игуменам дли архимандритам, имевшим свои поместья, было запрещено, в то время как в 1699—1700 годах были отменены налоговые привилегии церкви. С созданием Монастырского приказа политика такого рода продвигалась еще быстрее. В конце 1701 года было установлено указом, что впредь каждый монах должен получать ежегодное жалованье не больше десяти рублей, вместе с установленным количеством зерна и топлива. Любой излишек монастырских доходов по этим требованиям должен был использоваться для благотворительных целей.
В течение следующего десятилетия это постановление положило в руки правительства доход около миллиона рублей, большая часть которого использовалась для финансирования войны со Швецией. Приблизительно также были использованы 90% этого нового дохода в 1705 году, но такая высокая пропорция была исключением. Между 1709 и 1716 годами подобная политика вынудила ряд епископов отдать многие из их доходов в Монастырский приказ или местным должностным лицам и сохранять только часть (в среднем меньше половины) для поддержания их хозяйств. На церковь также оказывали сильное давление, чтобы использовать ее ресурсы для общего блага (например, учреждение богаделен или обслуживание старых и покалеченных солдат), и прежде всего для образования. В беседе с умирающим Адрианом в октябре 1700 года Петр подчеркнул потребность способствовать образованию в России, и ради церкви, и ради государства35; и в последующие годы церковь была вынуждена использовать увеличивающуюся пропорцию ресурсов таким образом. К 1706 году приблизительно около четверти ее дохода выделялось на образование всех видов. Следует отметить, однако, что ни одно из этих мероприятий не влекло за собой непосредственную конфискацию собственности церкви. Петр мог присваивать избыточный доход от монастырских хозяйств, но сами состояния оставались неприкосновенными: в 1722 г. было официально подсчитано, что около 1/5 всех крестьян в России принадлежали церковным землевладельцам.
Наряду с требованием направлять церковное богатство на светские цели постоянным с усилением настаивалось, чтобы церковь признала небывалую до сих пор вещь: полное свое подчинение государству и обязанность действовать в соответствии с предписаниями правителя. Торжественное церковное предание анафеме Мазепы в ноябре 1708 года, по специальному распоряжению Петра, является иллюстрацией этого. Так же как и присяга, которую с 1716 года были обязаны приносить новые епископы и которая связывала им руки в некоторых важных отношениях. Они не могли увеличивать число духовенства в своих епархиях или строить «ненужные» церкви. Они обязаны были гарантировать, что монахи не станут разъезжать без их письменного разрешения, которое должно было даваться только в исключительных случаях. Они не должны были вмешиваться в светские дела и судебные слушания, и только если несправедливость была допущена явно, обращаться с жалобой к царю. Увеличение прав и власти правителя, скрытое в требованиях такого рода, сделалось явным в письмах человека, которому суждено было стать с 1718 года, если не раньше, доминирующим проводником церковной политики Петра, а позже первым и, возможно, самым большим пропагандистом петровской легенды. Это был Феофан Прокопович, архиепископ Новгородский, высокообразованный украинец, хорошо знакомый с Западной Европой и идеями (особенно некоторыми формами протестантизма, которому почти явно сочувствовал). Широту его интеллектуальных горизонтов и понимание главных потоков мысли во время работы на Западе показывает содержание его библиотеки — свыше 3000 книг, которые по праву приписывают ему «первый подлинный голос в России Раннего Просвещения». Его наиболее важный труд, «Правда воли монаршей» (1722), был написан чтобы оправдать требование Петра, реализованное в указе, выпущенном в предыдущем году, назначать своего собственного преемника. Это требование Прокопович старался оправдать в рамках исторического прецедента и, что еще важнее, естественного права, чисто западноевропейская идея относительно глубокого значения, которая теперь становится первым важным проявлением интеллектуальной жизни России. Подобно многим западным авторам, он предполагал фундаментальный и окончательный договор между правителем и народом, по которому народ давал правителю право контроля над собой. Полномочия монарха были неограниченны, а обязательство его подданных — повиноваться ему — абсолютно. Хотя он и мог и действительно должен был повиноваться закону, это могло служить только хорошим примером: не имелось никаких юридических прав его принуждения. Это было планомерное утверждение идей сторонника абсолютизма такого типа, который был до сих пор неизвестен в России. Кроме Библии, главным источником аргументов был английский писатель семнадцатого столетия Томас Гоббс, который заявил семьюдесятью годами ранее, с ясностью, шокирующей его современников, доктрину абсолютизма логического и светского типа. Весьма существенно, что Прокопович едва ли вообще обращается к отечественным авторам, что традиционно было столь важно в православной мысли, и последовательно преуменьшает любую идею относительно православного правителя любыми средствами, отличающимися от традиционных для Западной Европы. Его аргументы основаны на том, что он требует прав как для «каждого самодержавного правителя», так и «монархов» вообще. Книга подчеркивает факт, что к своим более поздним годам Петр заложил как интеллектуальные, так и административные основы нового вида монархии и государства, и что это стало возможным в значительной степени благодаря ослаблению и подчинению церкви государству.