Иногда проблема многообразия веры разрешалась таким образом, что группы разделялись, для каждой конфессии отводилась отдельная территория и создавалось свое правовое уложение. Аугсбургский мир, например, исходил из принципа — cuius regio, eius religio: чья земля, того и вера. Но чаще пытались все же — и это, конечно, относится к Нидерландам — отрицать религиозные различия и делать их незаметными. Тем самым сохранялась иллюзия некоего религиозного единства, избегались слишком вызывающие проявления непохожести, и в то же время инакомыслящие граждане благодаря некоторым ухищрениям могли спокойно жить в обществе, в котором доминировали католики или протестанты.
Например, в Амстердаме, после того как католическое испанское господство закончилось, кальвинизм стал официальной религией, но менталитет торгового города не терпел какого бы то ни было религиозного подавления. «Свобода совести» была не только правилом, но также частью гражданской культуры. Официально «папистская месса» считалась проклятым идолопоклонством, но, пока католики ежегодно платили отступное городским властям, никто не чинил им препятствий. Свой службы они проводили в так называемых потайных церквах, которые были спрятаны за фасадами обычных домов, но пение во время обедни и вечерней службы было слышно издалека. О таких известных амстерДамцах, как Йоост ван ден Вондел и городской архитектор Хендрик де Кейзер, всем было известно, что они католики. И тем не менее не возникло никаких проблем с предоставлением де Кейзеру заказа на постройку трех важнейших протестантских церквей.
Конечно, хваленая толерантность поздней Республики была толерантностью без дискуссий, с прозрачными намеками на нежелательность присутствия, за нее часто приходилось платить. И это была толерантность с ограничениями: для католиков, лютеран, меннонитов и представителей других меньшинств политическая карьера была исключена. По отношению к иудеям применялась настоящая сегрегация: они не могли стать членами гильдии и Им было запрещено «с христианскими женами или ке либо вне брака иметь любые плотские сношения». Но в остальном они также были свободны исповедовать религию любого направления.
«Этот освященный Богом дом не боится ни насилия над совестью, ни пыток и смерти» — такие слова выбили полные уверенности иудеи над входом в свою новую большую синагогу в Амстердаме.