Еще до сирийского похода Бонапарту многократно приходилось убеждаться, что арабы далеко не все восхищены тем «освобождением от тирании мамлюков», о котором постоянно говорил в своих воззваниях французский завоеватель. Французы имели достаточно продовольствия, установив правильно действующую, но тяжкую для населения машину реквизиций и налогового обложения. Но звонкой монеты было найдено меньше. Для добывания ее служили другие средства.
Оставленный Бонапартом в качестве генерал-губернатора Александрии генерал Клебер арестовал прежнего шейха этого города и большого богача Сиди-Мохаммеда Эль-Кораима по обвинению в государственной измене, хотя и не имел к тому никаких доказательств. Эль-Кора им был под конвоем отправлен в Каир, где ему и заявили, что если он желает спасти свою голову, то должен отдать 300 тыс. франков, золотом. Эль-Кораим оказался на свою беду фаталистом: «Если мне суждено умереть теперь, то ничто меня не спасет и я отдам, значит, свои пиастры без пользы; если мне не суждено умереть, то зачем же мне их отдавать?» Генерал Бонапарт приказал отрубить ему голову и провезти ее по всем улицам Каира с надписью: «Так будут наказаны все изменники и клятвопреступники». Денег, спрятанных казненным шейхом, так и не нашли, несмотря на все поиски. Зато несколько богатых арабов отдали все, что у них потребовали, и в ближайшее после казни Эль-Кораима время было собрано таким путем около 4 млн. франков, которые и поступили в казначейство французской армии. С людьми попроще обращались и подавно без особых церемоний. В конце октября 1798 г. дело дошло до попытки восстания в самом Каире. Несколько человек из оккупационной армии подверглись открытому нападению и были убиты, в течение трех дней восставшие оборонялись в нескольких кварталах. Усмирение было беспощадное. Кроме массы перебитых арабов и феллахов при самом подавлении восстания, уже после усмирения несколько дней подряд происходили казни; казнили от 12 до 30 человек в день.
Каирское восстание имело отголосок и в соседних селениях. Генерал Бонапарт, узнав о первом же из этих восстаний, приказал своему адъютанту Круазье отправиться туда, окружить все племя, перебить всех без исключения мужчин, а женщин и детей привести в Каир, самые же дома, где жило это племя, сжечь. Это было исполнено в точности. Много детей и женщин, которых гнали пешком, умерло по дороге, а спустя несколько часов после этой карательной экспедиции на главной площади Каира появились ослы, навьюченные мешками. Мешки были раскрыты, и по площади покатились головы казненных мужчин провинившегося племени.
Эти зверские меры, судя по свидетельству очевидцев, на время страшно терроризировали население.
Между тем Бонапарт должен был считаться с двумя крайне опасными для него обстоятельствами. Во-первых, уже давно (как раз месяц спустя после высадки армии в Египте) адмирал Нельсон нашел наконец французскую эскадру, стоявшую пока в Абукире, напал на нее и уничтожил совершенно. Французский адмирал Брюей погиб в битве. Таким образом, армия, воевавшая в Египте, оказывалась надолго отрезанной от Франции. Во-вторых, турецкое правительство решило ни в коем случае ,не поддерживать распространенный Бонапартом вымысел, будто он вовсе не воюет с Оттоманской Портой, а только наказывает мамлюков за обиды, чинимые французским купцам, и за угнетение арабов. В Сирию была послана турецкая армия. Бонапарт двинулся из Египта в Сирию, навстречу туркам. Жестокости в Египте он счел наилучшим методом, чтобы вполне обеспечить тыл во время нового далекого похода. Поход в Сирию был страшно тяжел, особенно вследствие недостатка воды. Город за городом, начиная от Эль-Ариша, сдавался Бонапарту. Перейдя через Суэцкий перешеек, он двинулся к Яффе и 4 марта 1799 г. осадил ее. Город не сдавался. Бонапарт приказал объявить населению Яффы, что если город будет взят приступом, то все жители будут истреблены, в плен брать не будут. Яффа не сдалась. 6 марта последовал штурм, и, ворвавшись в город, солдаты принялись истреблять буквально всех, кто попадался под руку. Дома и лавки были отданы на разграбление. Спустя некоторое время, когда избиения и грабеж уже подходили к концу, генералу Бонапарту было доложено, что окаю 4 тыс. уцелевших еще турецких солдат при полном вооружении, большей частью арнауты и албанцы по происхождению, заперлись в одном обширном, со всех концов загороженном месте и что когда французские офицеры подъехали и потребовали сдачи, то эти солдаты объявили, что сдадутся только, если им будет обещана жизнь, а иначе будут обороняться до последней капли крови. Французские офицеры обещали им плен, и турки вышли из своего укрепления и сдали оружие. Пленников французы заперли в сараи. Генерал Бонапарт был всем этим очень разгневан. Он считал, что совершенно незачем было обещать туркам жизнь. «Что мне теперь с ними делать? — кричал он. — Где у меня припасы, чтобы их кормить?» Не было ни судов, чтобы отправить их морем из Яффы в Египет, ни достаточно свободных войск, чтобы конвоировать 4 тыс. отборных, сильных солдат через все сирийские и египетские пустыни в Александрию или Каир. Но не сразу Наполеон остановился на своем страшном решении... Он колебался и терялся в раздумье три дня. Однако на четвертый день после сдачи он отдал приказ всех их расстрелять. 4 тыс. пленников были выведены на берег моря и здесь все до одного расстреляны. «Никому не пожелаю пережить то, что пережили мы, видевшие этот расстрел», — говорит один из французских офицеров.
Тотчас после этого Бонапарт двинулся дальше, к крепости Акр, или, как французы ее чаще называют, Сен-Жан д'Акр. Турки называли ее Акка. Особенно мешкать не приходилось: чума гналась по шрам за французской армией, и оставаться в Яффе, где и в домах, и на улицах, и « на крышах, и в погребах, и в садах, и в огородах гнили неприбранные трупы перебитого населения, было, с гигиенической точки зрения, крайне опасно.